Il y a 20 ans, le pays des samouraïs furent envahis par des aliens appelés Amantos. Les samouraïs ont essayé de les rejeter par tous les moyens, mais ils ont été vaincus car ceux-ci utilisaient de hautes technologies et armements que les samouraïs n'avaient jamais vus et n'avaient aucun moyen de contrer. Le bakufu prit peur de la puissance des envahisseurs, alors ils capitulèrent. Les Amantos construisirent un grand Terminal, pour que d'autres Amantos viennent sur la terre. Certains samouraïs n'étaient pas d'accord avec la décisions du bakufu et continuèrent a combattre les aliens, mais sans résultat. Les Amantos prirent le pouvoir et contrôlèrent le bakufu.

Cependant des samouraïs résistaient encore. Alors les Amantos créèrent alors une loi qui interdisait l'utilisation de katana et le port d'arme. Cette loi fit disparaître les samouraïs, bien qu'il en reste quelques-uns...
Sakata Gintoki continue tout de même de porter un sabre en bois et mène sa vie comme il l'entend, en compagnie de deux autres personnes : Shimura Shinpachi qui reste avec lui pour apprendre la voie du samouraï et Kagura, une fille du clan Yato a la force destructive toujours accompagnée de son "chien", Sadaharu.
A eux trois, ils sont les « Freelanceurs », ils font n'importe quel boulot contre de l'argent.